শাজনীনকে ধর্ষণ ও হত্যা মামলার বিচার হয় ঢাকার নারী ও শিশু নির্যাতন দমন ট্রাইব্যুনালে। ২০০৩ সালের ২ সেপ্টেম্বর ট্রাইব্যুনাল মামলাটির রায় দেন। রায়ে ছয় আসামিকে ফাঁসির আদেশ দেওয়া হয়। আসামিরা হলেন শাজনীনের বাড়ির তৎকালীন গৃহকর্মী শহীদুল ইসলাম (শহীদ), বাড়ির সংস্কারকাজের দায়িত্ব পালনকারী ঠিকাদার সৈয়দ সাজ্জাদ মইনুদ্দিন হাসান ও তাঁর সহকারী বাদল, বাড়ির গৃহপরিচারিকা দুই বোন এস্তেমা খাতুন (মিনু) ও পারভীন এবং কাঠমিস্ত্রি শনিরাম মণ্ডল।
বিচারিক আদালতের রায়ের পর মৃত্যুদণ্ড অনুমোদনের (ডেথ রেফারেন্স) জন্য হাইকোর্টে যায়। আসামিরা আপিল করেন। ২০০৬ সালের ১০ জুলাই হাইকোর্ট শনিরামকে খালাস দেন। বাকি পাঁচ আসামির ফাঁসির আদেশ বহাল রাখা হয়। হাইকোর্টের রায়ের বিরুদ্ধে আপিল করেন চার আসামি—হাসান, বাদল, মিনু ও পারভীন।
