১৯৯৬ সালে তৎকালীন তত্ত্বাবধায়ক সরকারে সৈয়দ মঞ্জুর এলাহী যোগাযোগ, নৌপরিবহন, বেসামরিক বিমান চলাচল ও পর্যটন, ডাক ও টেলিযোগাযোগ এবং গৃহায়ণ ও গণপূর্ত মন্ত্রণালয়ের দায়িত্ব পালন করেন। ২০০১ সালে সাবেক তত্ত্বাবধায়ক সরকারে কৃষি, নৌপরিবহন, মৎস্য ও পশুসম্পদ মন্ত্রণালয়ের উপদেষ্টা হিসেবে দায়িত্ব পালন করেন তিনি।
দায়িত্ব পালনকালে সৈয়দ মঞ্জুর এলাহীর দক্ষতার প্রশংসা করে প্রধান উপদেষ্টা আরও বলেন, সংগঠক হিসেবেও তাঁর অসামান্য কৃতিত্ব রয়েছে। তিনি মেট্রোপলিটন চেম্বার অব কমার্স অ্যান্ড ইন্ডাস্ট্রি (এমসিসিআই) ঢাকার সভাপতির দায়িত্ব পালন করেছেন, বেসরকারি গবেষণাপ্রতিষ্ঠান সিপিডির ট্রাস্টি বোর্ডের সদস্যও ছিলেন তিনি।
